Ve své knize (Jan z kříže) jmenuje sedmero závažných duhovních nedokonalostí, které je potřeba v životě začátečníků očistit: 
1. Pýcha: Mají sklon odsuzovat ostatní, nemají trpělivost s jejich nedostatky. Jsou velmi vybíraví v tom, od koho přijímají poučení a vedení. 
2. Duchovní lakota: Jsou neustále nespokojení s tím, co jim Bůh v duchovní oblasti dává. Nemohou se nasytit posloucháním duchovních přednášek, pořád se chtějí dozvídat nové věci; a než by rostli v chudobě ducha a vnitří oproštěnosti, věnují se shromažďování a četbě spousty knih. 
3. Smyslnost: Nacházejí větší potěšení v duchovním požehnání a zbožných pocitech než v Bohu samém. 
4. Hněv: Jsou popudliví, náchylní k hněvu a rozčilování. Chybí jim trpělivost a mírnost, nenaučili se s pokorou čekat na Boha. 
5. Duchovní obžerství: Vyhýbají se kříži, odmítají ho a jako děti si vybírají jen to, co je příjemné.
6. Duchovní závist: Jsou nešťastní, když se ostatním duchovně daří. Neustále se s druhými srovnávají. 
7. Lenost: Utíkají od těžkých a náročných věcí, chtějí zakoušet jen sladké pocity a duchovní útěchy, cítit se dobře.